Smith Waterman算法中,假设,, 在开始计算得分矩阵时需要计算矩阵的每一个得分值,计算复杂度为。从上面的回溯算法中可以看到,第二步回溯算法的计算复杂度为。这样Smith Waterman算法的整体时间复杂度为。使用Smith Waterman算法计算两个序列最大相似性比较时绝大部分计算时间将消耗在计算得分矩阵上。
CUDASW ++软件是一个公共开放源代码软件,用于使用CUDA在图形处理单元上搜索Smith-Waterman蛋白质数据库。 该软件已添加到NVIDIA Tesla Bio Workbench(http://www.nvidia.com/object/swplusplus_on_tesla.html
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